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A n a i s d o I HM T
Os genomas de dois parasitas de malária
geneticamente distintos estão represen-
tados pelas barras coloridas (1). Um dos
parasitas é resistente a uma determinada
droga e o outro é sensível. A resistência é
conferida por alelo mutante de um gene no
locus
marcado a vermelho. Os dois parasitas
são passados juntos por mosquitos (2) onde
a reprodução sexual ocorre, produzindo
milhares de recombinantes (3), alguns dos
quais herdam o alelo mutante e outros, o
sensível. A progenia recombinante (não
clonada) é inoculada em ratinhos que são
tratados com a droga sendo investigada (4),
resultando na eliminação de todos os para-
sitas que não têm o alelo resistente (5). Es-
tes parasitas selecionados são então tipados
usando um grande número de marcadores
genéticos distribuídos por todo o genoma,
e que distinguem as duas formas parentais
(7). Os marcadores do parental sensível
localizados próximo do gene que confere
resistência são removidos após seleção por
droga.Quanto mais próximo ummarcador
estiver do gene alvo,maior a redução da sua
frequência após tratamento. Assim, forma-
-se um “vale de seleção” (8) em torno do
locus
alvo, permitindo a identificação do
gene(s) que conferem resistência. Fonte:
autoria própria
O genoma do parasita resistente (genoma
anónimo) é fragmentado aleatoriamen-
te por digestão emzimática. Cada um dos
fragmentos de DNA é ligado a um suporte
sólido (
chip
). Em seguida cada fragmento
individual é amplificado várias vezes (am-
plificação em
cluster
) e sequenciado. Os
dados da sequência dos fragmentos de cada
cluster
são processados por computador de
modo a que sejam alinhados contra um ge-
noma de referência de sequência conheci-
da. O novo genoma do parasita resistente
pode agora ser reconstruido através da jun-
ção na posição correta da sequência de cada
cluster
. A sequência deste genoma do para-
sita mutante resistente pode ser comparado
com a sequência do parasita ancestral sen-
sível, através de métodos bioinformáticos.
Fonte: autoria própria
Fig.3 -
Re-sequenciação de genomas pela plataforma Illumina
Fig.2 -
Linkage Group Selection